Emprega-se o primeiro, quando o se pode ser substituído por caso ou na hipótese de que.

Se não chover, viajarei amanhã (= caso não chova - ou na hipótese de que não chova, viajarei amanhã).

Se não se tratar dessa alternativa, a expressão sempre se escreverá com uma só palavra: senão.

Vá de uma vez, senão você vai se atrasar. (senão = caso contrário). / Nada mais havia a fazer senão conformar-se com a situação (senão = a não ser). / "As pedras achadas pelo bandeirante não eram esmeraldas, senão turmalinas, puras turmalinas" (senão = mas). / Não havia um senão naquele rapaz. (senão = defeito).